La Fundación Loyola nació en 2005 por iniciativa de diversas obras sociales de la Compañía de Jesús y el Provincial de la Compañía en México, para coordinar los apoyos organizativos y financieros de los diversos proyectos en los que participa la Compañía; su principal objetivo se centra en las obras sociales jesuitas de la Sierra Tarahumara, en Chiapas, Radio Huaya, en Sierra Norte de Veracruz, en el Centro Agustín Pro, en las once parroquias rurales, etcétera, que en aquel entonces se percibían dispersas, y cada una luchando para subsistir. En ese escenario algunas obras conseguían más apoyo que otras, por lo que se vio como una oportunidad que la Fundación liderara las diversas acciones comunes a los distintos proyectos.