En las últimas décadas el lago de Chapala ha tenido cambios suscitados tanto por causas
naturales como por acciones antropogénicas, factores como la explotación del agua, la contaminación,
los efectos climáticos y los cambios en su ciclo hidrológico hacen que su situación
sea muy compleja (véanse los capítulos S3.1 y S3.2). Se ha documentado que los altos
niveles de contaminación se deben principalmente a las descargas urbanas, industriales y
agrícolas que se vierten en el río Lerma, y a las descargas de aguas negras en el río Santiago
provenientes de la zona metropolitana de Guadalajara, aunado a una inadecuada gestión
estatal de las plantas de tratamiento de aguas residuales. Diversos estudios han demostrado
que el agua del lago no es potable debido a que no cumple con los estándares nacionales e
internacionales establecidos para los límites máximos permisibles de parámetros físicos,
químicos y biológicos medibles en el agua para considerarla potable.